بیشتر از صد نوع ویروس همراه با مدفوع انسانی وجود دارد که به نام ویروس های روده ای شناخته می شوند. دامنه تغییرات بهداشتی این عوامل در انسان از پولیو می الی تیس، هپاتیت ها، ورم معده تا عفونت های بی ضرر است. قطر این ویروس های فوق‍العاده کوچک از 20 تا 80 nm است. میانگین قطر سلول های قرمز خون انسان 7600 nm است. هر ویروس حاوی یک نوع خاص نوکلئیک اسید، RNA یا DNA است که توسط تک پروتئین ( پوسته ) به نام کپسید محاط شده است. تکثیر ویروس ها فقط در سلول میزبان زنده رخ می دهد. ویروس قادر به استفاده از اطلاعات ژنتیکی خودش برای به خدمت گرفتن امکانات سلول میزبان برای تولید ویروس بیشتر است. در مورد ویروس های روده ای، این ذرات ویروس ها به داخل مدفوع میزبان وارد شده و در نهایت به فاضلاب وارد می‍گردند. در حالیکه می‍توان این ویروس ها را با میکروسکوپ الکترونیکی مشاهده نمود ولی هزینه زیاد و نیز کوچک بودن اندازه نمونه باعث می شود که این روش برای شناسایی آنها در نمونه های فاضلاب غیر عملی باشد.

در فاضلاب خانگی تصفیه شده، خروجی ثانویه، غالباً دارای غلظت ویروس کمتر از 10ویروس بر لیتر قابل کشت دارد. اعداد ممکن است بزرگتر باشند ولی بر اساس روش های موجود این اعداد بزرگترین اعدادی هستند که قابل مشاهده اند. به دلیل انتظار وجود اعداد کوچکتر در آب و فاضلاب و روش های بررسی ویروسی به دلیل اینکه انتظار می‍رود اعداد کوچکتر در آب و فاضلاب وجود داشته باشند و ملاحظاتی که در مطالعات ویروسی است از روش های غلظت ویروس استفاده می شود. نمونه ها با حجم زیاد، مثل 1000گالن در آب آشامیدنی و یک یا چند گالن از فاضلاب، از صافی های طوری عبور داده می‍شوند که ویروس های موجود در آن جذب محیط صافی گردند. اغلب این صافی ها از الیاف شیشه ای با قطر 10 اینچ هستند که دارای بار مثبت‍اند و نمونه آب با سرعتی تقریبی 1 گالن در دقیقه از آن عبور می‍کند. ویروس های جذب شده تا حد امکان در حجم کم، از فیلتر تغذیه کننده شسته شده و این محلول برای بررسی وجود ویروس‍های قابل کشت مورد سنجش قرار می‍گیرد. در بعضی موارد مثل فاضلاب خام، مرحله صافش ممکن است کنار گذر شود و ویروس از حجم های نمونه کوچکتر توسط لخته شدن نرکیبی فرایند، گریز از مرکز و خروج از لخته متراکم غلیظ گردد. مطالعات آزمایشگاهی نشان داده که بازده بازیافت ویروس با استفاده از این روش ها می تواند تا زیر %10 برسد.