ریزاندامگان موجود در آب و فاضلاب شامل باکتری‍ها، قارچ ها، جلبک ها، پروتوزا، گیاهان و جانوران و ویروس هاست. باکتری ‍ها، قارچ ها، جلبک ها، پروتوزوا و ویروس ها را می‍توان با میکروسکوپ مشاهده نمود.

دسته بندی عمومی

ریزاندامگان زنده تک سلولی که تنها با میکروسکوپ دیده می شوند، مسئولیت تصفیه بیولوژیکی فاضلاب را دارند. عامل اصلی و واحد ساختاری تمامی مواد زنده سلول است. ریز اندامگان زنده به گروه سلول های پروکاریوت یا یوکاریوت به عنوان تابعی از اطلاعات ژنتیکی و پیچیدگی سلول تقسیم می‍شوند. و شامل باکتری ها، جلبک های آبی – سبز ( سیانوباکتر) و آرکایی خواهند بود. آرکایی ها به دلیل ترکیب DNA آن ها و ساختار سلولی و ساختمان ریبوزم آن ها از باکتری‍ها جدا می‍شوند. بیشتر آرکایی‍‍ها، باکتری‍هایی هستند که می‍توانند تحت شرایط سخت دمایی و شوری رشد کنند و همچنین شامل باکتری‍های متانوژنی، تولید کننده متان هستند که در فرایند تصفیه غیر هوازی مهم اند.

در برابر پرکاریوت ها، یوکاریوت ها هستند که بسیار بیشتر پیچیده هستند و شامل گیاهان و جانوران و اندامگان تک سلولی که در فرایند تصفیه مثل پروتوزوآ، قارچ ها و جلبک‍ های سبزند. همچنین عدم وجود غشای هسته ای در برگیرنده سلول DNA یکی از جنبه های شناسایی اندامگان پروکاریوت است. ریزندامگان یوکاریوت از نظر ساختار داخلی بسیار پیچیده هستند. این ‍ها شامل آندوپلاسما هستند که یک عضو ویژه با محتویات ریبوزوم ها و غشای داخلی است. همچنین بدنه گل جی ساختار غشای خاص هستند که محل ترشح آنزیم ها و دیگر موکول ها در آن قرار دارند. میتوکندریون یک غشا با ساختار داخلی و پیچیده است که تنفس سلول های یوکاریوت در آن رخ می‍دهد ولی در سلول های پروکاریوت وجود ندارد. در حالی که سلول های پروکاریوت می‍ توانند رنگدانه فتوسنتز داشته باشند ولی فاقد کلروپلاست، که در فتوسنتز توسط جلبک های سبز استفاده می‍شود، هستند.

ویروس ها از جمله انگل های داخل سلولی ضروری‍ ای هستند که برای رشد به سلول میزبان نیاز دارند. اگر چه ویروس ها حاوی اطلاعات ژنتیکی ( DNA یا RNA ) مورد نیاز برای تکثیر خودشان هستند ولی قادر به تولید خود در خارج از سلول میزبان نیستند. ویروس ها از هسته اسید نوکلئیک (DNA یا RNA ) پوشیده شده با پروتئین و گلیکوپروتئین تشکیل گردیده‍اند. ویروس به طور جداگانه بر اساس میزبان آلوده شده تقسیم بندی می‍شوند. باکتریوفاژ نامی است که برای ویروس هایی که باکتری ها را آلوده می کنند نام‍گذاری می شوند.

شرح کلی

اطلاعات اندازه ریزاندامگان، بخصوص شکل مقاوم آن ها، برای تعیین نوع تصفیه هایی که برای تصفیه یا زدایش آن ها انجام می‍شود، مورد نیاز است. یکی از ویژگی‍های مهم ریزاندامگان توانایی آن‍ها در تولید نوع مقاوم خودشان است. برای مثال نوعی از گونه های باکتری می‍‍توانند غشاهایی ( داخل سلول تشکیل می‍شوند) ایجاد کنند که ساختارشان بسیار پیچیده است. غشاها که حاوی کلیه اطلاعات برای تکثیر است با چند لایه پروتئین پوشیده شده است. این غشاها در مقابل حرارت و ضدعفونی کننده ها بسیار مقاوم‍‍‍اند. حدس زده می‍شود که این غشاها برای دهها سال و حتی قرنها در حالت کمون باقی بمانند. غشا می‍‍تواند در یک محیط مناسب در یک فرایند سه مرحله ای فعال شود. فعال شدن رشد و رشد سریع انواع مقاوم پروتوزوآ به عنوان سیست ها یا اوسیت شناخته می شوند. انواع مقاوم شامل کرم ها، تخم ها و اوسیست هاست. عبارت انگل برای توصیف اندامگانی که با هزینه دیگران زندگی می کند، به کار می‍رود. انگل هایی که در سطح یک اندامگان میزبان زندگی می‍کنند به نام اکتوپارازیت ها خوانده می‍شوند و انگل هایی که در داخل یک میزبان زندگی می‍کنند به نام اندوپارازیت ها هستند.