جدىترين مسأله در نگهدارى سيستم هاى آبيارى قطره اى مسدود شدن قطره چکان ها است. مسدود شدن قطره چکان ها باعث می شود که آب به اندازه کافى به گياه نرسد و از اين بابت خسارات زيادى به محصول وارد می ىشود. موادى که موجب مسدود شدن قطره چکانها می ىشوند به سه دسته مهم تقسيم می ىشوند:
1-  مواد فيزيکى به صورت معلق
2- مواد شيميايی

3- مواد بيولوژيکى مانند جلبک ها و باکترى ها
در جدول (ترکيبات فيزيکی، شيميايى و بيولوژيکى که در مسدود شدن قطره چکان ها مؤثر است) مواد مختلفى که باعث انسداد قطره چکان ها می شوند نوشته شده است. برخى از اين مواد را به راحتى می توان در آب تشخيص داد مانند رس و ماسه اى معلق که درصورت وجود اين مواد درآب صاف کردن را امرى اجتنابناپذير میىسازد. حال آنکه تشخيص مواد شيميايى در آب به سادگى ميسر نمی باشد.
معيارهاى مختلفى در مورد درجه تناسب آب براى آبيارى قطره اى توسط محققين ارائه شده است. در جدول (معيارهاى کيفى آب از نظر استفاده درآبيارى قطره ای) معيارهاى کيفیت آب از نظر استفاده در اين سيستم ها نشان داده شده است.اين معيارها به مهندسان طراح کمک می کند تا ضمن تشخيص درجه تناسب آب روش تصفيه مناسب را اتخاذ نمايند.